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主要开展农林有害生物发生、监测和综合防治；主要作物品种抗性鉴定与抗源利用；植保技术信息化；昆虫、螨类及其天敌的分类与应用、生物源有害生物控制剂研究；化学防治及其负效应的监测与治理；绿色食品生产技术标准；应用真菌；生物多样性及生物安全；植保生物技术等研究与应用。 “十五”以来共承担国家、省科技厅等各级各类项目80多项，获得6项省科技进步奖，其中一、二等奖各1项，三等奖4项，编写出版10多本专著。先后荣获“八五”全国农业科研单位“百强研究所”和福建省“文明单位”。在2003年国家科技部对全国地市级以上1334家农林科研机构进行科技竞争力综合评估中，本所再次进入全国百强，名列全国第41位。2004年排名省属第13位。
建立了福建省主要农作物品种抗性鉴定中心、捕食螨工厂化繁育基地、植物保护研究所中试基地（闽侯南通）、新农药研制和测试实验室、福建省科丰农药有限公司、福建圣灵保健品技术开发联合公司、福州市科丰植保技术服务部、福建绿业园艺技术开发有限公司、福建省国际科技合作示范基地、亚太地区食用菌培训中心药用菌研究开发基地（中心）、农业部新农药登记田间药效试验认证单位等11个研发平台及基地，极大地促进了科技创新及研究成果的转化。为我省农业生产提供农作物品种抗性鉴定、生物灾害防治标准规程，病虫草鼠害检测鉴定、植保技术信息化等服务，推广病、虫、草、鼠综防技术和食(药)用菌优质高产栽培技术，新型药剂和捕食螨，每年创社会经济效益近亿元。
二〇〇五年八月
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